วันอาทิตย์ที่ 4 สิงหาคม พ.ศ. 2556

parsimony

วิธีการวิเคราะห์ สร้าง tree
1 Phenetics methode (distance method); อาศัย clustering algorithms
1.1 UPGMA วิธีที่ง่ายที่สุด
1.2 Neibor Joining (NJ:fastest) วิธีการคล้ายกันเพื่อตรวจสอบ UPGMA โดยให้อัตราวิวัฒนาการใน ทุก taxa เหมือนกัน
2 Cladistic methods (Characters bases): Parsimony and likelihood methods
2.1 Parsimony: เป็นการดูทีละตำแหน่ง (ลักษณะ column) และ Tree ที่เป็นไปได้ถูกประเมินค่า และให้คะแนน โดย อาศัย จำนวนที่เปลี่ยนไปของวิวัฒนาการ, tree ที่ได้จากวิธีการนี้คือ tree ที่ มีการเปลี่ยนแปลงค่าทางวิวัฒนาการน้อยที่สุดที่แยกตัวมาจาก common ancestor ใช้เวลาในการคำนวณนานกว่า distance based
2.2 Maximum likelihood: ดูทีละตัวเหมือนกัน และคิดว่าที่เป็นไปได้ทุกกรณี คำนวณ likelyhood ทุก tree ทั้งที่ parsimony ดูแค่การเปลี่ยนแปลงวิวัฒน์ น้อยสุด วิธีการนี้ จึงใช้เวลานานมากในการคำนวณ เครื่องคอมฯ spec ช้า ๆ ก็หมดสิทธิ์ แต่ว่าวิธีการนี้ ให้ tree ที่ดีที่สุด แล้วล่ะ

ที่มา: http://bioid.wordpress.com/ 

ไม่มีความคิดเห็น:

แสดงความคิดเห็น